Το Clinical Pilates είναι ένα ασφαλές και αποτελεσματικό σύστημα ασκήσεων, με προσαρμοσμένες και εξειδικευμένες ασκήσεις Pilates που έχουν σαν στόχο την αποκατάσταση σε άτομα με μυοσκελετικά, νευρολογικά προβλήματα, σε άτομα με αυτοάνοσα νοσήματα, διάφορες παθήσεις, αναπηρίες ή με σοβαρούς τραυματισμούς. Επικεντρώνεται στην επανεκπαίδευση και στρατολόγηση των σταθεροποιητικών μυών (σταθερότητα πυρήνα), καθώς και στη βελτίωση της στάσης, αντοχής και της ευελιξίας. Θεωρείται θεραπευτική άσκηση και βασίζεται στα τελευταία επιστημονικά δεδομένα έτσι ώστε ο ασκούμενος μέσα από την άσκηση να καταφέρει να αποκτήσει την ικανότητα αυτοδιόρθωσης και αυτοπροσαρμογής στην καθημερινή του ζωή και να αναπτύξει τη γνώση της κίνησης του σώματος του, τις δυνατότητες που έχει κάθε φορά για κίνηση ενάντια στη βαρύτητα, με ελεγχόμενη εξέλιξη και προσαρμοσμένο πρόγραμμα στις ανάγκες του. Η μέθοδος εφαρμόζεται μόνο από εξειδικευμένους και πιστοποιημένους γυμναστές .